私は、よく個人的なこだわりでLinuxにアプリをインストールするときにソースコードからビルド、インストールします。←結構変わり者なんですが。
アンインストールするときにはビルドシステムによってコマンドが異なります。そのため、一言では言えません。 そういうこともあり、ビルドシステム（AutotoolsやCMake)ごとにアンインストール方法を以下のようにまとめました。
ビルドシステム名(インストールするために使ったコマンド)
方法、解説、アドバイス
コマンド
Autotools(./configure && make && sudo make install)
これが一番簡単かな？？Makefileのあるディレクトリで以下のコマンドを実行するだけです。
sudo make uninstall
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